მიტროპოლიტი იოანე ზიზიულასი დაიბადა 1931 წელს საბერძნეთში, ქ. კოზანში. 1948 წელს, იოანე ზიზიულასმა თესალონიკის უნივერსიტეტში ჩააბარა, შემდეგ კი ათენის უნივერსიტეტის საღვთისმეტყველო ფაკულტეტზე განაგრძო სწავლა. პარალელურად, იგი სწავლობდა ბოსეს ეკუმენურ ინსტიტუტში შვეიცარიაში. მოგვიანებით მან ჩააბარა ჰარვარდის უნივერსიტეტის (აშშ) სადოქტორო პროგრამაზე, აქვე, იგი იყო ბიზანტიური კვლევითი ცენტრის წევრი. ჰარვარდში, მის სადოქტორო კვლევას ხელმძღვანელობდა პროტოპრესვიტერი გიორგი ფლოროვსკი. საბერძნეთში დაბრუნების შემდეგ მან დისერტაცია დაიცვა ათენის უნივერსიტეტში 1965 წელს, თემაზე - „ეკლესიის ერთობა ღვთაებრივ ევქარისტიასა და ეპისკოპოსში პირველ სამ საუკუნეში“.
1964 წელს იოანე ზიზიულასი ათენის უნივერსიტეტის საღვთისმეტყველო ფაკულტეტის ასისტენტ-პროფესორი გახდა ეკლესიის ისტორიის განხრით. 1967-1970 წლებში იგი ასრულებდა მდივნის მოვალეობას ჟენევაში, მსოფლიო ეკლესიათა საბჭოს განყოფილებაში „რწმენა და საეკლესიო მოწყობა“. 1970-1973 წლებში იგი იყო ედინბურგის უნივერსიტეტის პატრისტიკის პროფესორი, 1973-1987 წლებში კი გლაზგოს უნივერსიტეტში ხელმძღვანელობდა სისტემური ღვთისმეტყველების კათედრას. 1980-იან წლებში, ლონდონის სამეფო კოლეჯში, იგი მოწვეული პროფესორის რანგში სისტემურ თეოლოგიაში კითხულობდა ლექციებს. 1984-1998 წლებში იყო თესალონიკის არისტოტელეს უნივერსიტეტის ღვთისმეტყველებისა და დოგმატიკის პროფესორი.
1986 წლის 17 ივნისს გამორჩეულ იქნა კონსტანტინოპოლის ეკლესიის მღვდელმთავრად. იმავე წლის 22 ივნისს მას ხელი დაასხეს და მიენიჭა პერგამონის მიტროპოლიტის ტიტული. 1989 წელს იგი ლონდონის სამეფო კოლეჯის მუდმივი საპატიო პროფესორი გახდა; 1993 წელს არჩეულ იქნა ათენის მეცნიერებათა აკადემიის მუდმივ წევრად. 2000 წლის შემოდგომაზე მას დაეკისრა მსოფლიო საპატრიარქოს წარმომადგენლის მისია ათენში. 2001 წელს იგი ათენის მეცნიერებათა აკადემიის პრეზიდენტის მოადგილე იყო, ხოლო 2002 წელს კი აკადემიის პრეზიდენტი გახდა.
იოანე ზიზიულასი რომის პონტიფიკალურ უნივერსიტეტში და ჟენევის უნივერსიტეტში მუდმივი საპატიო პროფესორის პატივს ატარებს. იგი არის საპატიო დოქტორი და პროფესორი არაერთი უნივერსიტეტის (მიუნსტერის უნივერსიტეტი, წმ. სერგის ინსტიტუტი, ბელგრადის უნივერსიტეტი, პარიზის კათოლიკური უნივერსიტეტი, მიუნხენის ლუდვიგ მაქსიმილიანის უნივერსიტეტი და ახალი საქართველოს უნივერსიტეტი), ამავდროულად, იგი არის რამდენიმე საღვთისმეტყველო დიალოგის კომისიის წევრი (მათ შორის, მართლმადიდებლებსა და კათოლიკებს შორის საღვთისმეტყველო დიალოგის შერეული კომისიის თანათავმჯდომარე), მსოფლიო საპატრიარქოს მრჩეველი და გარემოს დაცვის განხრით საერთო მართლმადიდებლური კომისიის თავმჯდომარე. მიტროპოლიტი იოანე ზიზიულასი არის 300-ზე მეტი ნაშრომის ავტორი, რედაქტორი და გამომცემელი, მისი ნაშრომები თარგმნილია მსოფლიოს მრავალ ენაზე.